龙华线之所以由港铁运营,是因为这是深圳地铁与香港地铁的合作项目。
2004年，深圳地铁与香港地铁签订了《深圳地铁4号线二期工程建设及运营合作原则协议》，合作范围包括4号线二期工程的建设、运营及沿线物业开发等，港铁公司按照协议投资建设了龙华线（4号线）二期工程,并在建成后负责该线路的运营管理。
这种合作模式有助于引入香港先进的轨道交通运营管理经验和技术，提升深圳轨道交通的服务水平和管理质量，同时也加强了深港两地的交通联系与合作。
